Thời gian hàn nhiệt cũng sẽ ảnh hưởng đến độ bền hàn nhiệt của sản phẩm. Trong trường hợp bình thường, trong cùng nhiệt độ và áp suất hàn nhiệt, thời gian hàn nhiệt lâu hơn có thể làm cho bộ phận hàn nhiệt chắc chắn và kín hoàn hảo hơn, đồng thời có thể đạt được cường độ hàn nhiệt dự kiến tốt hơn. Tuy nhiên, điều kiện xử lý của máy đóng gói dược phẩm tốc độ cao hiện đại không thể đảm bảo thời gian hàn nhiệt lâu. Nếu thời gian hàn nhiệt quá ngắn thì khả năng hàn nhiệt giữa lớp dính và màng PVC sẽ không đủ. Vì lý do này, tiêu chuẩn quốc gia quy định thời gian hàn nhiệt khoa học là 1 giây.
